Radnice
Nejvýznamnějším objektem na náměstí je stará radnice. Roku 1562 koupila obec dva shořelé sousední domy a dala je následujícího roku přestavět Vlachem Jakubem Cornbellem na radnici, která při prvním úředním číslování domů roku 1770 obdržela číslo1. Podloubí nové radnice se otvíralo do náměstí třemi polokruhovými arkádami o mohutných pilířích, kterým nad jediným patrem budovy odpovídaly tři štíty. S přispěním císaře Ferdinanda III. Byla k radnici roku 1638 přistavěna masivní čtyřboká, 31 metrů vysoká čtyřetážová věž s ochozem, hodinami a cibulovitou střechou s lucernou. Věž od té doby tvořila vedle kostelní věře druhou dominantu města. Roku 1742 bylo průčelí budovy ozdobeno freskami s rožmberským, schwarzenberským a městským znakem. Při přestavbě roku 1819 byl radniční dům zvýšen o druhé patro.
Zámek
Neodmyslitelnou součástí Třeboně je honosný renesanční zámek, rozkládající se na jihozápadní straně historického centra města. V těchto místech stával nejdříve panský dvorec, změněný na tvrz a později kamenný hrádek, zmiňovaný poprvé roku 1374. Nedlouho předtím koupili Třeboň Rožmberkové, kteří městu a jeho širokému okolí dopřáli náležitý rozvoj. Opevněné město dvakrát obléhali husité, naštěstí neúspěšně. V 16. století bylo Třeboňsko nejvýnosnější částí rožmberského dominia.
Roku 1562 zachvátil město požár, který zasáhl i hrad. Vilém z Rožmberka proto pověřil Vlachy Jana a Antonia Ericery náročnými přestavbami starých budov na renesanční zámek. Tuto proměnu dokončil v době Petra Voka další významný architekt Dominik Cometa. Po smrti posledního Rožmberka (1611) zdědili zámek Švamberkové, kteří přišli o většinu majetku po osudové bitvě na Bílé hoře. Třeboňské panství daroval císař Ferdinand II. Ssvé vlastní rodině, ale o snadno nabytý majetek nikdo nepečoval a záchranou pro zámek je až přechod do rukou starobylého německého rodu Schwarzenbergů, kteří jej získali v roce 1660. Knížecí rod Schwarzenbergů vlastnil zámek až do roku 1940, kdy jej zabralo gestapo. Počátkem dvacátých let, po první pozemkové reformě, Schwarzenbergové zámek opustili a poté sloužil po několik let jako hotelové zařízení. Po válce v roce 1945 byla nad zámkem zavedena národní správa a v roce 1947 byl třeboňský zámek zestátněn.
Pivovar
Při jižní straně centra města se nachází areál třeboňského pivovaru s honosnými budovami, pocházejícími většinou z druhé poloviny 19. století. Průčelí pivovaru tvoří východní stranu Trocnovského náměstí. V těchto místech nechal Petr Vok z Rožmberka vystavět v letech 1606 – 1608 zbrojnici. V letech 1699 – 1723 byla zbrojnice přestavěna na panský pivovar podle projektu schwarzenberského stavitele Jakuba de Maggi a za dozoru a spolupráce jeho syna Jana a posléze Pavla Ignáce Bayera, nového knížecího stavitele. Postupem doby však pivovar přestával stačit poptávce po svém produktu, takže jej majitelé opakovaně rozšiřovali do nynější velikosti a podoby. Pivo Regent se vaří tradiční technologií, k výrobě se používá výhradně přírodních surovin.
Mariánský sloup
Vedle kašny stojí barokní Mariánský sloup, který je dílem českobudějovického kameníka Leopolda Hubera. Na náklady měšťanů Jana a Alžběty Pilsových byla roku 1780 zhotovena socha Panny Marie na štíhlém jehlanu, jenž spočívá na masivním trojbokém podstavci se sochami sv. Josefa, sv. Vojtěcha a sv. Alžběty. Některé prvky sousoší náleží ke klasicismu.
Budějovická brána
Vstup do města střeží mohutné brány. Na západním okraji se prochází Budějovickou branou, vystavěnou v letech 1605 – 1611 podle návrhu Dominika Comety a Jana Lukana náhradou za zazděnou Břilickou bránu vedle zámku. V roce 1819 byla přestavěna a nedlouho poté byl odbourán sloupový portik na vnější straně brány.
Hradecká brána
Východní stranu náměstí uzavírá Hradecká brána, jejíž jádro pochází z let 1525 – 1527, kdy se brána stala součástí zdokonaleného městského opevnění.
Novohradská brána
Komunikace procházející branou ven z města ústí při vnějším pásmu městského opevnění do druhé brány – Novohradské, vybudované v 1. polovině 16. století. V jezd brány je ve tvaru gotického lomeného oblouku, přístup k ní je z obou stran omezen hradební zdí.
Svinenská brána
Jižní stranu Žižkova náměstí uzavírá Svinenská brána s obloučkovými štíty a sgrafitovou výzdobou severního průčelí. Psaníčkovými sgrafity je pokryta i valená klenba průjezdu.
Schwarzenberská hrobka
Do podvědomí návštěvníků památek vstoupili Jan Adolf II. Schwarzenberg se svou manželkou kněžnou Eleonorou zejména jako iniciátoři přestavby zámku Hluboká do dnešní novogotické podoby. Kněžna Eleonora se však také zasadila i o výstavbu nové hrobky, určené k umístění ostatků členů schwarzenberského rodu.
Od roku 1784 byli příslušníci hlavní větve schwarzenberského rodu pohřbíváni v nedalekém hřbitovním kostelíku sv.Jiljí. Ten však v duhé polovině 19.století byl již zaplněn a také nevyhovoval poměrně přísným hygienickým předpisům, které mimo jiné nařizovaly samostatné odvětrávání prostoru hrobky a balzamování těla před uložením do dvouplášťové rakve.
Původní projekt nové hrobky, která se nachází v parku při jihovýchodní straně rybníka Svět, navrhl významný rakouský architekt Johann Schmidt, který však nebyl dostatečně obeznámen s problematikou podloží a jeho návrh nebyl realizován. Znovu zde našel uplatnění knížecí stavitel F.D.Deworetzský, spolutvůrce přestavby zámku Hluboká. Podle vzoru italského Campa Santa navrhl dvoupodlažní budovu v novogotickém slohu s monumentální schodišťovou rampou, zdařile zasazenou do okolní parkové plochy. Se stavbou bylo započato 14.července 1874 pod vrchním vedením Deworetzského. Na stavbě hrobky se podíleli řemeslníci z celých jižních Čech a za dva a půl roku bylo prostavěno 251 tisíc zlatých. Dne 29.července 1877 hrobku slavnostně vysvětil bratr knížete Jana Adolfa II., pražský arcibiskup Bedřich Schwarzenberg.
Střízlivému prostoru kaple dominuje hlavní oltář, zasvěcený Božskému Vykupiteli, zhotovený sochařem Josefem Pokorným z bílého pískovce, sádry a istrijského mramoru. V samotné hrobce, umístěné pod kaplí, se nachází umělecky cenný mramorový sarkofág, vytvořený Alexanderem Trippelem v roce 1789.
Vlastní hrobka se nachází pod úrovní terénu i hladiny rybníka Svět. Aby voda z písčité půdy neprosakovala základem stavby, byl okolo stavby zřízen vzduchový kanál, široký 60 cm a hluboký 2 m. Ten odvádí vodu od stavby a zajišťuje tak suché prostředí hrobky.
Bývalý augustiniánský klášter
Kostel sv. Jiljí s vysokou věží dominuje souboru budov někdejšího augustiniánského kláštera, založeného Rožmberky v roce 1367. Klášter poznamenal dějiny města a zařadil se k předním centrům vzdělanosti a umělecké tvorby na českém jihu. Rožmberská nadace byla neobyčejně velkorysá, jmění kanonie však rostlo i obratnou hospodářskou politikou a odkazy. Se stavbou nového konventu se započalo současně se stavbou kostela a v roce 1369 už zřejmě pokročily práce na budování ambitu. Na severní straně kostela byla zbudována i jednopatrová budova konventu čtvercového půdorysu, s křížovou chodbou uchovanou v téměř neporušené podobě. Každé ze čtyř křídel ochozu má kromě klenebních polí pět polí vlastních. Všechny čtyři stěny obrácené do rajského dvora jsou prolomeny širokými hrotitými arkádami s úzkými parapety. Takto vzniklá okna jsou členěna třemi pruty a jejich závěr je vyplněn bohatou kružbou trojího druhu.
Na jižní straně nádvoří, rozkládajícího se před konventem, postavil Petr z Rožmberka dům s kaplí v patře, která svým tělem vybočovala do dvora. Byla zasvěcena sv. Vincenci a je připomínána již v roce 1380. Ostatní budovy na nádvoří kláštera jsou převážně z období nového rozkvětu kláštera v 18. století. Kašna uprostřed nádvoří pochází z konce 17. století. Zrušení kláštera v roce 1785 ukončilo dobu jeho opětného vzestupu.